Fiskarlaget Nord krever at vernet ikke begrenser dagens eller fremtidig fiskeriaktivitet og at det gis en generell adgang for dispensasjon fra vernet. De mener utvelgelsen av referanseområder er gjort på feil grunnlag og krever at referanseområdene ikke innføres.
Direktoratet for mineralforvaltning viser til svært verdifulle nefelinsyenittforekomster ved Stjernøy som ligger i utkanten av verneområdet, og at vernet vil kunne få konsekvenser for framtidige utslippstillatelser fra gruver. Direktoratet krever at vernet ikke direkte eller indirekte skal påvirke gruvevirksomheten.
Forsvarsbygg reagerer på at verneforslaget betyr at Forsvaret ikke får skyte skarpt i det eneste skytefeltet til sjøs i Finnmark. De krever at verneområdet legges utenfor skytefeltet.
Forum for natur og friluftsliv i Finnmark vil innføre det strengeste verneforslaget og vil ha strengere begrensninger for nye oppdrettsanlegg og torskehotell.
Hammerfest, Sørøya og Loppa fiskarlag støtter Fiskarlaget Nords uttalelse, men understreker at det er uaktuelt å verne referanseområdet for snurrevad.
Hammerfest kommune krever en «balansert dispensasjonspraksis» for havbruk og fangstbasert akvakultur, at vernet ikke omfatter kunstige rev og at det ikke forsinker kommunens arealplan.
Havforskningsinstituttet støtter det strengeste verneforslaget og mener det bør stilles strengere krav til utslipp av legemidler og lusemidler fra oppdrettsanlegg i verneområdet.
Kystverket krever at områdene nær havner som er foreslått unntatt fra vernet, utvides.
Nordland Fylkes Fiskarlag er prinsipielt imot referanseområder som forbyr snurrevad og reketrål og krever generell dispensasjon fra vernet for fangstbasert akvakultur.
Selskapet Polar Algea planlegger storstilt taredyrking i verneområdet og krever at dyrking av tang og tare ikke blir påvirket av vernet.
Sjømat Norge krever at oppdrettsanlegg skal kunne etableres i verneområdet uten dispensasjon. De mener verdien av vernet er uklar. De krever at verneområdet innskrenkes og at referanseområdene for akvakultur flyttes, siden hele kysten sør for Sørøya er aktuell for framtidig oppdrett. Sjømat Norge mener alle verneområdene langs kysten bør revurderes siden forutsetningene er endret ettersom oppdrettsanleggene har blitt større.

Tidligere fiskarlagsleder kaller vern av «lille Lofoten» galskap